Sede di un forte ausiliario ai tempi di Domiziano, Vindobona era situata lungo la frontiera settentrionale, in prima linea durante la crisi scoppiata a seguito delle rivolte delle tribù dei Marcomanni e dei Quadi verso la fine del I sec. d.C.. La fortezza vera e propria, potrebbe essere stata costruita quando le operazioni militari furono affidate al futuro imperatore Traiano, che operò in queste zone tra il 95 e il 97 d.C., posizionando a guardia di essa la Legio XIII Gemina, che vi rimase fino all’anno 101 d.C., quando insieme a Traiano partì per la campagna di Dacia. A Vindobona subentrò quindi la Legio XIV Gemina sostituita poi ancora una volta dalla X Gemina che li rimase fino alla caduta del Limes danubiano nel V secolo.
La guerra combattuta da Marco Aurelio fu dura ed estenuante, prova ne sarebbe quanto racconta lo storico Aurelio Vittore, che attribuisce proprio a Vindobona, sul fronte marcomannico, il luogo dove l’Imperatore morì il 17 marzo del 180 d.C.. Fu Eliogabalo a pianificare una nuova campagna contro quelle tribù, poichè un oracolo gli predisse che a terminare quelle guerre sarebbe stato proprio un membro della sua dinastia. Ciò suggerisce quindi che nonostante i numerosi combattimenti avvenuti negli anni precedenti, la regione attorno a Vindobona continuava ad essere teatro di invasioni e razzie da parte dei barbari. Le incursioni dei Marcomanni e dei Quadi proseguirono regolarmente fino a tutto il III sec. d.C., quando poi si aggiunsero a dar man forte ai barbari anche le tribù nomadi dei Vandali e degli Alamanni, queste incursioni ebbero il loro maggiore impulso negli anni 270-271 d.C., quando la fortezza di Vindobona fu più volte teatro di aspri scontri, e i barbari invasori si spinsero fino alla pianura Padana quando furono poi ricacciati, non senza difficoltà dai legionari dell’Imperatore Aureliano. In seguito a quest’ultima invasione, probabilmente al tempo di Diocleziano, si preovvedette a sbarrare la strada ad altre possibili e future invasioni, fortificando il corridoio che dalla Pannonia e dalla Dalmazia immette in Italia attraverso le Alpi Giulie: il cosiddetto Claustra Alpium Iuliarum, ovvero un sistema di fortificazioni a protezione dei passi alpini orientali dell’Italia romana.
Vindobona fu più volte attaccata nel IV-V secolo ad opera di Vandali, Unni e Marcomanni. Nel 357 d.C., la solita coalizione di tribù tra Marcomanni, Quadi e Iazigi, tornò ad agitarsi sul Danubio, invadendo e saccheggiando i territori compresi tra la Rezia e le due Pannonie. Le razzie furono in qualche modo arginate dall’Imperatore Costanzo II, che operò sia militarmente sia diplomaticamente, anche assegnando nuove aree d’insediamento ad alcune tribù della coalizione.
Attorno al 400 secondo la Notitia Dignitatum era ancora posizionata a Vindobona la legio X Gemina, anche se pochi anni più tardi (probabilmente tra il 402 ed il 408) orde barbariche di Goti saccheggiarono prevalentemente la parte civile del forte.