Innalzata lungo l’antica via Appia, la villa si estende verso nord su di un poggio creato da una lingua di lava proveniente da antiche eruzioni provenienti dal complesso dei Colli Albani.
Dalle condutture in piombo rinvenute negli scavi archeologici del sito, sappiamo che la villa era di proprietà di due fratelli, Sesto Quintilio Condiano e Sesto Quintilio Valerio Massimo, nobili e facoltosi, entrambi consoli nel 151 d.C., e grandi proprietari terrieri. Gli Imperatori Antonino Pio e Marco Aurelio, tennero in grande considerazione la loro posizione sociale, ma con l’avvento di Commodo le cose per i due fratelli cambiarono in peggio. L’Imperatore invidioso e avido dei loro possedimenti, dapprima tentò di impossessarsene con laute offerte economiche, ma resosi conto dell’incorruttibilità dei due fratelli, trovò il sistema per farli incriminare inventando una congiura ordita da loro contro la sua figura. Il risultato fu che i due Quintili furono condannati a morte, e Commodo ebbe mano libera sugli averi dei due facoltosi romani.
La grande proprietà divenne così una villa imperiale. Funzione che sembra aver mantenuto, stando alla datazione dei restauri e ad alcune iscrizioni, citazioni e ritratti, fino all’imperatore Tacito, cioè fino a tutto il III secolo d. C.. Il complesso, come provato dal ritrovamento di alcuni bolli laterizi, rimase tuttavia in uso fino a tutto il VI sec. d.C., diventando in epoca medievale, almeno in alcuni ambienti della villa, luogo per sepolture.
Probabilmente data l’imponenza dei suoi ruderi, la Villa dei Quintili era conosciuta nel passato come la “Roma vecchia” area in cui i romani comprendevano anche le ville dei Sette Bassi, sulla via Latina e quella dei Gordiani, sulla Prenestina.
Ma perché i fratelli Quintili decisero di costruire la villa proprio in quel luogo? I Quintili discendevano dai Quinctii, grande famiglia di Alba Longa che venne inserita nella cittadinanza romana dopo la sconfitta della città latina. Lì, era stato posto l’accampamento dei Curiazi prima dello scontro finale contro gli Orazi. Si tratta probabilmente, di un esempio dell’uso politico e ideologico che le grandi famiglie romane usavano fare delle proprie origini mitiche e che si rifletteva anche nella scelta dei luogo di costruzione di una villa.
La villa si sviluppa su cinque nuclei distinti, estesi su un terreno compreso tra l’Appia Antica e l’Appia Nuova. Vi si distinguono, ad ovest, un gruppo di piccoli edifici, probabilmente delle tabernae, e un grande e maestoso ninfeo a due piani che si affaccia sull’Appia antica, costituito da un’ampia esedra circolare, scandita da nicchie e con al centro una grande fontana. Oltre il giardino lungo almeno trecento metri, verso nord, si trovano gli ambienti termali con il frigidarium, tiepidarium e calidarium con accanto una sala rotonda del diametro di 36 metri, probabilmente scoperta e adibita a piscina.
Nella zona orientale della villa, sorge la zona residenziale, appartenente al nucleo originario della villa, databile alla prima metà del II secolo d.C., sempre sul lato orientale poi, sorgeva un secondo giardino a forma di circo, praticamente una sorta di ippodromo aggiunto alla villa in epoca più tarda.